Для того, чтобы Jenkins мог работать с репозиторием с аккаунта, на котором включена 2-х факторная авторизация, нужно сгенерировать "Personal access tokens"
Логинимся в GitHub и переходим по ссылке.
Выбираем "Generate new token" и ставим следующие галочки:
repo:invate — необходима для доступа к приватным репозиториям, без нее у вас будет доступ только к публичным
В Jenkins'е переходим в "Credentials" и добавляем новые "Add Credentials"
- Kind: Username and password
- Username: Ваш GitHub логин
- Password: Ваш токен созданный ранее
Теперь в GitHub плагине вы можете использовать созданную связку доступов.
Для работы с Git в консоли необходимо указывать токен, к примеру:
git clone https://<token>@github.com/owner/repo.git