Для изменения timeout при проксировании нужно в блок "server" добавить следующее:
proxy_connect_timeout 600;
proxy_send_timeout 600;
proxy_read_timeout 600;
send_timeout 600;
600 — время в секундах
Если используется FastCGI, то timeout можно задать следующим образом:
fastcgi_connect_timeout 300s;
fastcgi_send_timeout 300s;
fastcgi_read_timeout 300s;